結論
システム設定→プライバシーとセキュリティ→ファイルとフォルダに進む。
そこで、アプリごとのアクセス範囲を制限する。
経緯
ターミナルでfzfを使っていたところ、iCloudのファイルも検索するようになってしまっていました。
以前、何も考えずに「アクセスを許可する」でOKをクリックしたのが原因でした。
この状態の何がまずいかというと、fzfのようなファイル検索ツールを使ったとき、開発とは関係ないファイルも検索するようになってしまうことです。
この許可を取り消すためには、上記の「結論」に書いたように、設定から制限をする必要があります。
(どこで設定するか分かりづらかったので記事にまとめました)